Ｘは、Ｙ１（市）を保険者とする国民健康保険の一般被保険者の資格を取得した。Ｙ１は、国民健康保険事業を運営する保険者であり、国民健康保険法・Ｙ１市の国民健康保険条例により、国民健康保険料を徴収している。
その後、Ｘに対する平成６年度の保険料の賦課額が決定され（本件賦課処分）、保険料の納入通知書がＸに送付された。これを受けて、Ｘは、「前年度の収入が生活保護基準の約半分であるから、生活保護適用に準じて保険料を免除されたい」との理由で、保険料の減免申請をした。これに対し、Ｙ２（Ｙ１市長）は、減免基準に非該当である旨を通知した（減免非該当処分）。そこで、Ｘが、Ｙ１に対し本件賦課処分の取消し・無効確認を、Ｙ２に対し、減免非該当処分の取消し・無効確認を、それぞれ求めたのが本件である。

Ｘ社は、平成20年12月に、Ａ社の所有する複数の不動産を譲り受けた。このＡ社については、平成21年２月に再生手続開始の決定がなされたものの、事業継続を不可能とする事実が明らかになったため、翌３月には再生手続廃止となり、翌４月に破産手続開始決定がなされた。

Ｘは、右翼団体幹部を名乗るＡから脅迫を受け、自動車を購入して、購入した自動車をＡに引き渡した。その後、Ｘは、Ａに対して自動車の返還を求める訴訟を提起して勝訴したが、これに基づく動産執行は不能により終了してしまった。他方、Ｘには、自動車税を賦課される地位が残ったままとなった。
そこで、Ｘは、Ｙ県の県税事務所長に対し、自動車を占有しておらず、所在も不明であることなどを理由として自動車税の減免申請をした。しかし、県税事務所長は、当該申請に対し却下処分をした。そのため、Ｘが当該却下処分の取消しを求めて出訴したのが本件である。
最高裁は、Ｘの主張を認めなかった。

《事例の概要》
平成X5年から平成Y5年分の事業所税につき、対象とならない月極駐車場の床面積を課税対象に含めて計算していたところ、課税団体である横浜市から連絡があり、更正期限までの平成Y1年から平成Y5年分の過大納付税額が還付されることになった。
このため、更正が受けられなかった平成X5年から平成Y0年分の事業所税の過大納付税額850万円につき損害賠償請求を受けた。

本訴訟は、本条例に基づき特例企業税を課された原告（被控訴人、上告人）が、本条例は、法人事業税の課税標準である所得金額の計算上、欠損金額を繰越控除することを定めた地方税法の規定に違反し、違法・無効であると主張して争ったものである。
訴訟では、当事者双方から、行政法、租税法学者を中心とする多数の専門家の意見書が書証として提出され、納税者と神奈川県とのどちらを支持するかで、意見が分かれていた。裁判所の判断も、第一審である横浜地方裁判所は納税者の訴えを認め、東京高等裁判所が神奈川県の主張を認めていた。
本件は、そうした難しい争点に、最高裁判所が判断を示したものである。