５月30日付で財務省より次の情報が公開され、本年３月29日に可決・成立した「所得税法等の一部を改正する法律」（平成25年法律第５号）の改正規定の一部に、税制改正大綱等との齟齬があることが公表された。

高齢化が急速に進む中、介護・医療と連携して高齢者支援サービスを提供できる住宅の確保が重要となっており、こうした住宅の供給を促進するために、建築費や改修費の補助、税制面、融資面における支援が実施されている。
このうち税制面での支援について、平成25年度税制改正大綱で次の措置が講じられた。

平成25年度税制改正大綱において、金融所得課税の一体化の拡充の一環として、割引債の課税方式についても根本的な改正が行われることになった。

平成25年度税制改正大綱における金融・証券税制に係る改正の目玉は「日本版ISA」と「金融所得課税の一体化」である。
前者は少額投資に対する非課税措置ということで減税となる改正であるが、後者は現行非課税である公社債の譲渡益に対して20％の申告分離課税を行うという増税措置を含むものであること等から、1,700億円の増税となることが見込まれている。

平成25年度税制改正大綱における金融・証券税制に係る改正の目玉は「日本版ISA」及び「金融所得課税の一体化」である。
その目的について、大綱（与党大綱）では以下のように述べている。

１月29日に閣議決定された平成25年度税制改正大綱では、「「合理的な再生計画」に基づく経営者の私財提供に係る譲渡所得の非課税措置」について明記されている。

平成25年度税制改正大綱には、住宅に係る各種の所得税額の特別控除について、適用期限の延長が示されている。
また、消費税等の税率改定に伴う住宅取得コストや工事費用の負担増への対応、特例の適用要件の合理化を目的とした新たな措置が講じられている。

平成25年１月29日、平成25年度税制改正の大綱が閣議決定された。
「成長と富の創出の好循環」の実現に向け、民間投資の喚起、雇用・所得の拡大、中小企業対策・農林水産業対策等のための税制上の措置を講じ、また、社会保障の安定財源の確保及び財政の健全化を図るため、消費税増税を踏まえた税の一体改革の実現に向け所得税、相続税及び贈与税について必要な措置を講ずることとされている。

会計検査院より、財務大臣宛てに、平成24年10月19日付けで、「租税特別措置(相続財産に係る譲渡所得の課税の特例)の適用状況等について」と題する意見の表示が行われた。

平成24年度税制改正により、個人が国内にある10年超所有の土地または建物等を譲渡し、国内にある土地等、建物等または機械装置等に買換えをした場合の譲渡所得の課税の特例（租税特別措置法37条１項９号。以下「９号買換え」という。）の適用対象となる買換資産たる「国内にある土地等」の範囲について、次のように見直しをされた。