税務調査に対する対応に迷いを抱える税理士は多い。
税務調査の結果、増差税額が生じたため、クライアントに追徴税額の支払いを依頼しなければならないだけではなく、追加的に延滞税・加算税の支払いを依頼しなければならないからである。
また、税務調査の際に税務署との見解の相違が明らかとなり、修正申告を余儀なくされる場合に課される加算税の負担をクライアントに求める場合に、クライアントとの間にトラブルになる場合も多いからであろう。

納税者（以下「甲」）は、遠洋マグロ漁船の漁労長兼船長として、外国法人Ａとの乗船契約に基づきＡからの給与収入を得ていたが、これを申告していなかったため、当該給与収入について更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分が行われた。

平成23年度税制改正によって「税務調査の終了の際の手続」については、税務当局の納税者に対する説明責任を強化する観点から、その内容について法令で明らかにされた。ただし、実質的には、下記に示すように「改正前」と「改正後」において、それほど差違があるわけではない。
しかしながら、これらの手続が法令化されたことによって、改正前のように税務当局の判断によってその一部を省略することができなくなり、税務当局は法令通り、一定の手続の下で執行しなければならなくなった。
その中で、納税義務者に対する説明が省略できるという「調査の終了の際の手続に関する同意書」は、国税通則法第74条の11第５項を根拠として作成されたものである。

「留置き」とは、納税義務者から提出された帳簿書類その他の物件につき、税務署等の一定の場所に留め置くことである（関係通達２－１）。
国税庁等又は税関の当該職員は、国税の調査について必要があるときは、当該調査において提出された物件を留め置くことができる（通法74の７）。
従前においても、実際にこのようなことは行われていたのであるが、国税通則法の改正によって、物件の留置きが法律で定められたのである。また、「必要があるとき」については、最終的に、税務調査を担当している職員の判断によって決せられることになる。

平成25年１月１日から改正国税通則法が施行され、１年が経過した。
この改正では、法施行後における税務調査手続等を円滑かつ適切に実施する観点から、その施行前である平成24年10月１日から事前通知、修正申告等の勧奨の際の教示文の交付手続等が「先行的取組」として実施されているが、改正国税通則法に基づく新しい税務調査制度が実施されて以降、税務調査の現場において、税務当局や納税者にどのような影響を及ぼしているのか、２回に分けて検証することとする。

「そうか・・・」
渕崎統括官は、田村上席の報告を静かに聞いている。
内藤建設の実施調査は、田村上席と山口調査官の２人で、３日間行われた。
渕崎統括官の横に置かれている小さなテーブルに、田村上席と山口調査官は、渕崎統括官と向かい合って座っている。
テーブルの上には、田村上席が作成した「検討事項一覧表」がある。
渕崎統括官は、その検討事項一覧表を見ながら、質問を続ける。
「例の・・・大手ゼネコンからの請負工事について、否認するのは無理なのですか？」

本件は、処分行政庁が、原告に対し平成12年５月１日から平成18年４月30日までの６年間にわたる各事業年度の間に、原告の従業員が関係業者からリベートとして受領していた手数料合計9,786万3,000円のうち、
（１）　平成13年４月期において609万9,000円を総勘定元帳の雑収入科目に計上しなかったとして、青色申告承認の取消処分を行い、
（２）　各事業年度において、本件手数料に係る収益を益金の額に算入せず法人税を申告し、
（３）　各事業年度に対応する各課税期間において、本件手数料を課税資産の譲渡の対価の額に算入せずに消費税等を申告した上、
（４）　本件手数料に係る収益を益金の額に算入せず、原告に属する手数料を費消して横領した従業員に対する損害賠償請求権の額を課税資産の譲渡等の対価の額に算入せずに隠ぺい又は仮装したとして更正処分及び各重加算税の賦課決定処分を行った
ところ、原告が、これらの収益は従業員個人に帰属するものであって、隠ぺい仮装を行った事実もないと主張して各処分の取消しを求めたという事案である。

渕崎統括官は少し苛々しながら、壁に掛かっている時計を見た。
午後６時を少しまわっている。
「遅いなあ・・・」
椅子に座りながら、呟く。
田村上席と山口調査官は、税務調査からまだ帰ってこない。
今日は２人で、河内税務署管内にある内藤建設の調査に出かけている。

延滞税及び利子税（以下「延滞税等」という）は、滞納を防止し、期限内に納付した納税者との間の税負担の公平を確保する観点から設けられたもので、債務不履行に対する遅延利息的なものである。
その延滞税及び利子税について、平成25年度税制改正により、平成11年度の税制改正以来、14年ぶりの税率引下げが行われた。併せて国からの還付金等に付される還付加算金についても引下げが行われ、地方税の延滞金、還付加算金についても同様の措置がとられる。今回の改正の背景には、低金利の時勢や納税者の負担軽減という狙いがある。

「そうか・・・蔵本さんも今年が定年で、退職されたのか・・・」
渕崎統括官が椅子にもたれながら、「定期人事異動速報」を見ている。
蔵本は統括官で、この７月の人事異動で退職している。