調査報告書によれば、平成26年６月25日、Ｔ２Ｅは、取引先であるＡ社代理人から、同月23日付の内容証明郵便を受け取り、Ａ社がＴ２Ｅとの間でいわゆる架空循環取引を行っていた旨の通知を受けた。
これを受けて、タカラトミーは事実関係の調査を行うため、社内調査委員会による調査が行われることとなった。

調査報告書によれば、インスパイアーは、オンライン決済を目的としたカード事業の事業化のためのシステム開発に関し、過去の決算において適切な会計処理が行われていなかった可能性を「外部から」指摘を受けたことを契機に、第三者委員会を設置して調査することになったとされている。ただし、「外部」の意味するところは、調査報告書では明らかにされていない。

アイレックス監査役会は、平成24年11月、会計監査人である聖橋監査法人からの第２四半期レビュー結果報告をきっかけに、売上の実在性に疑義を持ったため、常勤監査役が経営会議等の席で、これを当時の代表取締役社長に質したが、明確な回答を得られなかった。

2013年４月16日から、ＪＴＣに対し、東京国税局による税務調査が行われ、担当調査官から、海外でのリベート提供は「使途秘匿金」という税務処理があることを示され、これに沿った税務処理を行ったため、約１億円の追徴課税を受けることとなった。

東テクは、平成26年２月上旬、東京国税局による税務調査の過程において、社員の一部が不適切な外注費の処理を行っていた可能性があるとの指摘を受け、これを端緒として社内調査を進めたところ、水増し又は架空の仕入発注、ルームエアコンの無断転売等の不正取引の事実を把握するに至った。

株式会社リソー教育（以下「リソー教育」という）は、1985年７月設立。ＴＯＭＡＳという名称の学習塾を直営方式で経営している。売上高約218億円、従業員数539名（2013年２月期）。本店所在地は東京都豊島区。東証１部上場。
調査の結果、不適切な会計処理が判明したのは、リソー教育の連結子会社、株式会社名門会（以下「名門会」という）と株式会社伸芽会（以下「伸芽会」という）の２社であった。名門会は家庭教師派遣事業を営み、年商約51億円、伸芽会は幼児教育事業を営み、年商約30億円で、いずれも、連結売上高に占める割合が10％を超える重要な子会社である。（2013年２月期）。

会計監査人である監査法人トーマツは、管理本部財務課課長より、平成25年８月期第３四半期決算及びそれ以前において、棚卸資産に関連して不適切な会計処理が行われていたことを示唆する情報提供を受けた。
会計監査人は、直ちに、代表取締役社長に対し、事実関係の調査、法令違反などの事実があれば、是正その他適切な措置をとるよう申し入れた。その結果、棚卸資産に関して、一部、不適切な会計処理が行われていた疑義（以下「本件疑義」という）を認識したため、第三者委員会を設置することを決議した。

平成25年９月、外部者から、コーナン商事取締役について、仕入取引先からの不適正な資金の受領の有無、コーナン商事と同取締役の関連当事者との取引開始の経緯等について照会がなされ、社内調査委員会による調査を行っていたところ、新聞報道がされたため、10月11日急遽、コーナン商事代表取締役社長が記者会見を行い、取引に問題があったことを認めるとともに、第三者委員会による実態解明を明らかにした。

当初、AFSは、「社内調査により」不適切な会計処理が判明したとリリースしていたが、調査報告書によれば、不正会計に関与してきた台湾子会社の総経理が、「自分が行っている不適正な会計処理とイオンＤＮＡ大学（注１）の学ぶことのギャップに苦しみ」、「海外責任者会議の後自らの不正行為を吐露することとなった」ということである。
この時点で、不適正な会計処理は、前任の総経理時代から７年以上にわたって続けられていた。

平成25年４月の人事異動により新支店長となった執行役員に対し、同年７月中旬、関西支店の施工部門長が、一部の工事について協力会社の了解を得て工事代金の一部を支払わず、別の工事代金として支払っていたこと（以下「付け替え」という）を報告したことから、同支店における不適切な会計処理が発覚した。