平成26年秋ころ、山形工場購買外注グループの担当者は、別の担当者に対し、平成24年９月に退職した元従業員X1から発注依頼の電話がかかってくることに疑問を抱き、チームリーダーに相談したものの、チームリーダーは問題ないとの認識を示すのみであった。その後、12月になって、グループマネージャーが、X1からの依頼に基づく発注が多額であることを知り、社内の職制上の上位者である工場長を通じ、情報を経営トップに報告する。

調査報告書冒頭に掲げられた「当委員会設置の経緯」によれば、アイセイ薬局は、証券取引等監視委員会開示検査課による金融商品取引法第26条に基づく開示検査を受け、過去の一部の工事請負契約、土地賃貸借契約及び不動産売買契約等に基づく取引（以下「本件疑義取引」という）につき、会計処理の適正性に関し疑義を呈された。
これを受けて、アイセイ薬局は、本件疑義取引に係る事実解明及び会計処理の適正性に係る事実解明を目的として、平成26年11月28日に取締役会を開催し、アイセイ薬局と利害関係を有しない中立・公正な外部の専門家から構成される第三者委員会を設置することを決議した。

平成26年８月中旬頃、オカモト静岡工場に勤務する従業員から、静岡工場長に対し、帳簿在庫の数量や金額を不正に操作していることを示唆する告白があり、静岡工場における内部調査、本社経理部の管理職による内部調査により、詳細な金額は不明であるものの、棚卸資産の在庫金額が約４億円過大計上されており、過年度決算の訂正が生じる可能性の高いことが判明した。
その後、社内調査を行ってきた役職員に顧問弁護士を加えた社内調査委員会の設置を経て、社外の独立した弁護士及び公認会計士のみからなる第三者委員会による調査、再発防止策の提言を受けることを決定し、平成26年11月４日、適時開示を行った。

本件調査の対象となった会計不正は７つの事案を数えるが、そのうち５件について、その発覚の経緯として「外部からクワザワ従業員口座に不適切な金員が流入しているとの指摘があった」こととされている。
しかし、「外部」が具体的に何を意味するのかについては、調査報告書に言及はない。

エナリスが、「一部WEBサイトへの書込みについて」と題するリリースを公表したのは、平成26年10月24日であった。そこでは、エナリスの平成25年12月期有価証券報告書に記載のあるテクノ・ラボ株式会社（以下「テクノ・ラボ」と略称する）に対する売掛金10億500万円の実在性に関する疑義が書き込まれていることに対し、同社との契約解除を認めたうえで、同じ発電設備を東証一部の金融機関に販売し、12月末までに入金予定であることが説明されていた。

平成26年10月６日、日本道路北関東支店に属する出張所の工事担当者に対し、建設機械リース業者から、リース代金約1,200万円の支払が繰り延べられ、分割返済されることとなっている旨の相談があり、同担当者は、出張所長ではなく、その上位管理者である営業所長に報告を行った。

再発防止策を実行中のＪＢＲに、グループの元関係者から告発文書が届いたのは、平成26年10月20日のことである。ＪＢＲは、「告発文書に係る記載内容等には信憑性に疑義がある」としながらも、会計監査人である有限責任監査法人トーマツ（以下「トーマツ」という）からの指摘もあり、３度目の第三者委員会の設置に踏み切った。

これに加えて、会計監査人である有限責任監査法人トーマツ（以下「トーマツ」という）は、平成26年９月期第２四半期において出資し、関連会社としている日本電源技術社株式会社（以下「ＮＤＧ」という）の出資に関する減損処理及びＮＤＧ向け貸付金に対する貸倒引当金計上などの一連の取引に関する経済合理性についての疑義を指摘しており、再設置された第三者委員会（以下「第２次調査委員会」という）により、調査と評価を行うこととなった。

ジャパンベストレスキューシステム株式会社は、平成26年10月29日、今年３回目となる第三者委員会の設置を発表した。約半年の間に３回の第三者委員会を設置するケースは、おそらく史上初めての事態である。
それぞれの委員会がどのような目的によって設置され、調査結果がどのように報告されたかを検証したい。

４月28日、経理部は、平成26年３月期決算の説明準備段階において、甲社に対する売掛金残高が１年前の約５億円から、約８億円に増加していることを把握し、担当の管理部門に対する問い合わせの結果、甲社に対する売掛金の大部分が未請求売掛金（工事進行基準の適用により売上計上されたが、未検収であるため未だ取引先に対して請求をしていないものをいう。以下同じ）であり、中には、平成21年11月１日に作業を開始したオーダに係るもの（４年以上滞留）も存在することが判明した。