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「税理士損害賠償請求」頻出事例に見る原因・予防策のポイント【事例137（法人税）】　「分割があった場合の「試験研究費の認定申請書」の提出を失念したため、試験研究費の特別控除につき「調整計算の特例」の適用ができなくなってしまった事例」

公開日: 2024/08/29 (掲載号：No.583)

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「税理士損害賠償請求」頻出事例に見る原因・予防策のポイント【事例137（法人税）】　「分割があった場合の「試験研究費の認定申請書」の提出を失念したため、試験研究費の特別控除につき「調整計算の特例」の適用ができなくなってしまった事例」

筆者: 齋藤　和助

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「税理士損害賠償請求」

頻出事例に見る

原因・予防策のポイント

【事例137（法人税）】

分割があった場合の「試験研究費の認定申請書」の提出を失念したため、試験研究費の特別控除につき「調整計算の特例」の適用ができなくなってしまった事例

税理士　齋藤　和助

《事例の概要》

令和５年３月期の法人税の「試験研究を行った場合の法人税額の特別控除」（以下単に「試験研究費の特別控除」という）の適用に当たり、令和４年４月１日に会社分割を行い、分割承継法人に事業を一部移転したため、「分割等による移転試験研究費の額の計算方法の認定申請書」及び「分割等による移転売上金額の計算方法の認定申請書」（以下単に「試験研究費の認定申請書」という）を提出して所轄税務署の認定を受け、分割法人及び分割承継法人の「分割等による試験研究費の額の区分に関する届出書」及び「分割等による売上金額の区分に関する届出書」（以下単に「試験研究費の届出書」という）を提出して、比較試験研究費の額及び平均売上金額を調整（以下「調整計算の特例」という）した方が有利であったにもかかわらず、「試験研究費の認定申請書」を提出しないまま「試験研究費の届出書」のみを提出したため、所轄税務署から「調整計算の特例」は適用できないとの指摘を受け、修正申告することになってしまった。

これにより「試験研究費の特別控除」が減少し、法人税等につき追徴税額が発生し、損害賠償請求を受けた。

《賠償請求の経緯》

令和４年４月
会社分割により、分割法人（依頼者）の事業を分割承継法人に一部移転。
令和４年５月
有利な「調整計算の特例」を適用するため、所轄税務署に「試験研究費の認定申請書」と「試験研究費の届出書」を提出すべきところ、誤って「試験研究費の届出書」のみを提出。
令和５年５月
令和５年３月期の「試験研究費の特別控除」を「調整計算の特例」を適用して申告。
令和５年６月
所轄税務署から「試験研究費の認定申請書」を提出していないため「調整計算の特例」は適用できないとの指摘を受ける。
令和５年７月
関与先に報告し、賠償請求を受ける。
令和５年８月
令和５年３月期の「試験研究費の特別控除」を「調整計算の特例」を適用せずに修正申告。

《基礎知識》

◆分割が行われた場合の調整計算の原則

分割を行った法人が「試験研究費の特別控除」の適用を受ける場合には、分割前の事業年度に係る分割法人の比較試験研究費の額及び平均売上金額は、その全額を分割承継法人の試験研究費の額及び売上金額に加算する。

◆分割が行われた場合の調整計算の特例

分割を行った法人が分割の日以後２ヶ月以内に、移転事業に係る試験研究費の額及び売上金額と移転事業以外の事業に係る試験研究費の額及び売上金額とを区分する合理的な方法について納税地の所轄税務署に「試験研究費の認定申請書」を提出し、分割法人及び分割承継法人が納税地の所轄税務署にこの規定の適用を受ける旨の「試験研究費の届出書」を提出したときは、その移転事業に係る試験研究費の額及び売上金額を、分割法人の試験研究費の額及び売上金額から控除するとともに、分割承継法人の試験研究費の額及び売上金額に加算することができる。

◆分割が行われた場合の調整計算の見直し（措令27の４⑭）

（１）　改正の内容

令和５年度の税制改正により、分割が行われた場合の「調整計算の特例」について、分割法人による移転事業に係る試験研究費の額と移転事業以外の事業に係る試験研究費の額とを区分する合理的な方法について税務署長の承認を受ける「試験研究費の認定申請書」の提出及び当事者全てによる「試験研究費の届出書」の提出が不要とされ、特例を受ける法人がその適用を受ける事業年度の確定申告書等、修正申告書又は更正請求書に所定の事項を記載した書類を添付することにより適用を受けることができることとされた。

（２）　適用時期

上記改正は令和５年４月１日以後に開始する事業年度分の法人税について適用される。なお、改正前の制度が適用される事業年度において「調整計算の特例」を受けなかった場合には、調整計算の見直しの適用もないが、改正後の制度が適用される事業年度の確定申告書等、修正申告書又は更正請求書に所定の事項を記載した書類を添付することにより、その事業年度において改正後の調整計算の適用を受けることができる。

《税理士の落とし穴》

「試験研究費の認定申請書」を提出しないまま「試験研究費の届出書」のみを提出したため、「調整計算の特例」が適用できなくなってしまった。

《税理士の責任》

依頼者は令和４年４月１日に会社分割を行い、分割承継法人に事業を一部移転した。税理士は、令和５年３月期の「試験研究費の特別控除」に有利な「調整計算の特例」の適用を受けるため、分割の日以後２ヶ月以内に所轄税務署に「試験研究費の認定申請書」と「試験研究費の届出書」を提出する必要があった。

しかし、税理士は「試験研究費の認定申請書」を提出しないまま「試験研究費の届出書」のみを提出し、「調整計算の特例」を適用して「試験研究費の特別控除」を計算して申告した。

このため、所轄税務署から「調整計算の特例」は適用できないとの指摘を受け、修正申告することになってしまった。期限内に「試験研究費の認定申請書」を提出してから「試験研究費の届出書」を提出していれば、「調整計算の特例」は適用できたことから、税理士に責任がある。

なお、令和５年度の税制改正により、令和６年３月期以降は上記申請書と届出書の提出が不要になり、確定申告書等に所定の書類を添付することで、「調整計算の特例」が適用できるようになったことから、損害期は令和５年３月期の１期のみである。

《予防策》

［ポイント①］
「調整計算の特例」の存在を知っておく

一般試験研究費の特別控除の計算においては、試験研究費割合で控除額が決まるため、比較試験研究費の額や平均売上金額が重要になる。適用年度以前に分割等があった場合には、今までは、分割の日以後２ヶ月以内に、有利判定を行い、「試験研究費の認定申請書」と「試験研究費の届出書」を提出する必要があった。

しかし、令和５年度の税制改正により、今後は、決算時点で、有利判定を行えば、「調整計算の特例」が適用できるようになった。分割等の組織再編があった場合には、「調整計算の特例」が有利にならないかどうか必ず確認するようにしたい。

［ポイント②］
情報収集を心がける

本事例とほぼ同様の内容で、納税者が敗訴している判例があるので参考にされたい（一審二審で敗訴、上告棄却・不受理）。

東京地方裁判所令和元年（行ウ）第357号令和３年９月９日判決

法人税及び地方法人税更正処分等取消請求事件（棄却）（控訴）

【試験研究費の特別控除／期限後に行われた移転試験研究費等に係る認定申請及び届出】

（了）

次回は9/26に掲載します。

「税理士損害賠償請求」

頻出事例に見る

原因・予防策のポイント

【事例137（法人税）】

税理士　齋藤　和助

《事例の概要》

これにより「試験研究費の特別控除」が減少し、法人税等につき追徴税額が発生し、損害賠償請求を受けた。

《賠償請求の経緯》

令和４年４月
会社分割により、分割法人（依頼者）の事業を分割承継法人に一部移転。
令和４年５月
有利な「調整計算の特例」を適用するため、所轄税務署に「試験研究費の認定申請書」と「試験研究費の届出書」を提出すべきところ、誤って「試験研究費の届出書」のみを提出。
令和５年５月
令和５年３月期の「試験研究費の特別控除」を「調整計算の特例」を適用して申告。
令和５年６月
所轄税務署から「試験研究費の認定申請書」を提出していないため「調整計算の特例」は適用できないとの指摘を受ける。
令和５年７月
関与先に報告し、賠償請求を受ける。
令和５年８月
令和５年３月期の「試験研究費の特別控除」を「調整計算の特例」を適用せずに修正申告。

《基礎知識》

◆分割が行われた場合の調整計算の原則

◆分割が行われた場合の調整計算の特例

◆分割が行われた場合の調整計算の見直し（措令27の４⑭）

（１）　改正の内容

（２）　適用時期

《税理士の落とし穴》

「試験研究費の認定申請書」を提出しないまま「試験研究費の届出書」のみを提出したため、「調整計算の特例」が適用できなくなってしまった。

《税理士の責任》

《予防策》

［ポイント①］
「調整計算の特例」の存在を知っておく

［ポイント②］
情報収集を心がける

本事例とほぼ同様の内容で、納税者が敗訴している判例があるので参考にされたい（一審二審で敗訴、上告棄却・不受理）。

東京地方裁判所令和元年（行ウ）第357号令和３年９月９日判決

法人税及び地方法人税更正処分等取消請求事件（棄却）（控訴）

【試験研究費の特別控除／期限後に行われた移転試験研究費等に係る認定申請及び届出】

（了）

次回は9/26に掲載します。

連載目次

「税理士損害賠償請求」頻出事例に見る原因・予防策のポイント

［事例１～事例150］

【事例１（贈与税）】　★無料公開中★
「相続時精算課税を選択していれば贈与税がかからなかったところ、暦年課税を選択したため、贈与税の支払いが発生し、支払った贈与税について損害賠償請求を受けた事例」

【事例２（法人税）】
「保証債務を履行するために資産を譲渡した場合の所得税の特例及び貸倒損失を計上して繰戻し還付を行わなかったことにつき損害賠償請求を受けた事例」

【事例３（所得税）】
「個人所有の賃貸建物を同族会社にサブリースしたところ、同族会社が受け取る管理料相当額が「著しく高額」として同族会社の行為計算の否認により更正処分を受けた事例」

【事例４（消費税）】
「合併事業年度の簡易課税制度の判定を納税義務の判定と同じであると思い込み、被合併法人の基準期間の課税売上高で行ってしまった事例」

【事例５（法人税）】
「退職の事実がないとして、税務調査により、代表取締役の役員退職給与が否認された事例」

【事例６（所得税）】
「被相続人から相続により取得した貸店舗について、被相続人の取得価額で引き継ぐべきところ、未償却残高で引き継いでしまった事例」

【事例７（贈与税）】
「住宅取得等資金の贈与に係る相続時精算課税の特例を適用して申告したが、申告期限までに住宅用家屋の新築工事が完了していなかったことから、特例が受けられなくなってしまった事例」

【事例８（法人税）】
「再生計画の認可の決定により預託金の一部が切り捨てられていたゴルフ会員権を代表者に時価で売却し、簿価と時価の差額を売却損として計上してしまった事例」

【事例９（消費税）】
「新設法人の期末資本金額で判定したため課税事業者と誤認し、設立初年度の設備投資に係る消費税の還付が受けられなかった事例」

【事例10（贈与税）】
「利用状況の異なる２棟の建物の敷地の一部について分筆せずに贈与税の配偶者控除を適用しようとした事例」

【事例11（事業所税）】
「事業所税の対象とならない月極駐車場の床面積を課税対象に含めて計算したため過大納付となった事例」

【事例12（所得税）】
「相続税対策のため、税理士の提案により、依頼者の所有する同族法人株式を発行法人に売却したが、みなし配当の計算を誤ったため、追徴税額が発生し、「正しい税額の説明を受けていれば売却は行わなかった。」として賠償請求を受けた事例」

【事例13（消費税）】
「特定目的会社の消費税選択につき「課税期間特例選択届出書」及び「簡易課税制度選択届出書」の提出を失念した事例」

【事例14（法人税）】
「親会社の減資により特定中小企業者に該当することとなり、「中小企業者等が機械等を取得した場合の法人税額の特別控除」の適用ができたはずとして賠償請求を受けた事例」

【事例15（相続税）】
「「遺産が未分割であることについてやむを得ない事由がある旨の承認申請書」の提出を失念したため、「配偶者の税額軽減」及び「小規模宅地等についての相続税の課税価格の計算の特例」の適用が受けられなくなった事例」

【事例16（法人税）】
「雇用促進税制の適用を満たしていたにもかかわらず、事前アドバイスを怠ったため、「雇用者の数が増加した場合の法人税額の特別控除」の適用が受けられなくなった事例」

【事例17（消費税）】
「個別対応方式での申告が有利であったにもかかわらず、十分な検討を怠り、不利な一括比例配分方式で申告をしてしまった事例」

【事例18（法人税）】
「所得拡大促進税制の適用を満たしていたにもかかわらず、税理士がこれを適用せずに申告したため、「雇用者給与等支給額が増加した場合の法人税額の特別控除」の適用が受けられなくなった事例」

【事例19（所得税）】
「上場株式等の配当等を、源泉分離課税による申告不要制度を選択して申告したところ、総合課税で申告しても純損失の繰越控除により、合計所得がゼロとなるため、総合課税が有利であった事例」

【事例20（相続税）】
「負担付贈与について、贈与者に譲渡課税が行われることを説明していなかったため、「正しい説明を受けていれば贈与は行わなかった。」として、損害賠償請求を受けた事例」

【事例21（消費税）】
「非課税売上対応課税仕入が多額にあったため、一括比例配分方式が有利であったにもかかわらず、非課税仕入との思い込みから不利な個別対応方式で申告してしまった事例」

【事例22（消費税）】
「特定期間の課税売上高が1,000万円超であり、かつ、給与等支給額の合計額が1,000万円超であったため、課税事業者となるにもかかわらず、事前に有利選択を行わなかったため、不利な原則課税となってしまった事例」

【事例23（法人税）】
「持株会社が関係会社から受ける配当に係る源泉所得税につき、完全支配関係であることから、所得がなければ全額還付になると説明して配当を実行させたが、配当計算期間中３ヶ月しか株式を所有していなかったため、按分計算により２分の１しか還付を受けることができなかった事例」

【事例24（法人税）】
「収用換地等の場合の所得の特別控除の適用が受けられたにもかかわらず、その適用をせずに申告してしまった事例」

【事例25（消費税）】
「設立事業年度を11ヶ月としたため、「特定期間における課税売上高による納税義務の免除の特例」により２期目から消費税の課税事業者となってしまった事例」

【事例26（相続税）】
「更正の請求期限を分割確定後１年であるものと誤認したため、期限を徒過し、特例の適用が受けられなくなってしまった事例」

【事例27（法人税）】
「外国子会社合算税制において適用除外に該当しているにもかかわらず、別表の添付をしなかったため、適用除外が認められなかった事例」

【事例28（相続税）】
「経済産業大臣の認定手続を失念したため、「非上場株式等についての相続税の納税猶予の特例」の適用を受けることができなくなってしまった事例」

【事例29（所得税）】
「配当控除を加味して総合課税で申告したところ、配当控除の適用が受けられないものであったため、申告不要制度を選択した方が有利であったとして賠償請求を受けた事例」

【事例30（消費税）】
「特定期間における課税売上高が5,000万円超であったため、簡易課税は選択できないものと誤認し、「簡易課税制度選択届出書」を提出しなかった事例」

【事例31（贈与税）】
「「相続時精算課税選択届出書」を別途送付としたため、期限後の提出となってしまい、贈与を錯誤として取り消した事例」

【事例32（法人税）】
「土地の売却益を圧縮するため、特定資産の買換えの圧縮記帳を適用して申告したが、土地の面積制限により修正申告となった事例」

【事例33（法人税）】
「「収用等のあった日」に「収用等の特別控除」を適用しなかったため、適用が受けられなくなってしまった事例」

【事例34（法人事業税）】
「外形標準課税の資本割計算において、「特定子会社の株式又は出資に係る控除措置」を適用せずに申告してしまった事例」

【事例35（所得税）】
「平成26年分の所得税につき、平成25年分の確定申告書を期限後申告しなかったため、平成24年に生じた上場株式に係る譲渡損失の繰越控除の適用ができなくなってしまった事例」

【事例36（消費税）】
「課税資産の譲渡等に係る事業を開始した日の属する事業年度においては、その事業を開始した日の属する課税期間の末日までに「課税事業者選択届出書」を提出すれば、課税事業者を選択できたにもかかわらず、これを失念したため、設備投資に係る消費税の還付が受けられなくなってしまった事例」

【事例37（所得税）】
「平成27年分の所得税につき、「居住用財産の買換え等の場合の譲渡損失の損益通算の特例」の適用が受けられたにもかかわらず、適用を失念したまま申告してしまった事例」

【事例38（財産評価）】
「無道路地として評価できた宅地を不整形地として評価してしまった事例」

【事例39（所得税）】
「遺産分割につき誤った説明をしたため「居住用財産を譲渡した場合の3,000万円の特別控除」の適用が受けられなくなってしまった事例」

【事例40（贈与税）】
「代表者及びその配偶者が所有する同族会社債権を放棄させたため、同族会社の株主間で株価上昇分の価値の移転が発生し、みなし贈与となった事例」

【事例41（消費税）】
「設立初年度より「特定新規設立法人の納税義務の免除の特例」により課税事業者となっていたが、これに気づかず、結果として不利な原則課税での申告となってしまった事例」

【事例42（贈与税）】
「居住用部分の床面積だけで判定したため、修正申告となり、「直系尊属から住宅取得等資金の贈与を受けた場合の贈与税の非課税特例」の適用が受けられなくなってしまった事例」

【事例43（所得税）】
「居住用家屋の譲渡日を売買契約日で認識しなかったため、「居住用財産の買換え特例」の適用が受けられなかった事例」

【事例44（法人税）】
「交換差金の額が20％を超えたため、固定資産の交換の特例の適用ができなくなってしまった事例」

【事例45（法人税）】
「「エネルギー環境負荷低減推進設備等を取得した場合の特別償却」に該当する太陽光発電設備を設置したが、即時償却の処理をせずに消耗品費で処理したため、税務調査で否認されてしまった事例」

【事例46（個人事業税）】
「不動産所得に係る個人事業税につき、貸付面積を誤記載したため、本来、納付不要であったにもかかわらず賦課決定額を納付していた事例」

【事例47（法人税）】
「国庫補助金等の圧縮記帳を行ったが、経理処理を誤ったため、損金経理がされていないとして税務調査で否認された事例」

【事例48（消費税）】
「たまたま土地の譲渡があった事業年度において「課税売上割合に準ずる割合の適用承認申請書」の提出を失念してしまった事例」

【事例49（相続税）】
「借地権につき、小規模宅地等についての相続税の課税価格の計算の特例が適用できたにもかかわらず、これを適用せずに申告してしまった事例」

【事例50（消費税）】
「移転補償金を課税売上高としていたため、基準期間の課税売上高が5,000万円超となり、原則課税で設備投資に係る消費税の還付を受けたが、税務調査による減額更正により、簡易課税となり、設備投資に係る消費税の還付が受けられなくなってしまった事例」

【事例51（法人税）】
「「中小法人等」の範囲を誤認したため、欠損金の繰戻しによる還付請求を行わなかった事例」

【事例52（消費税）】
「特定期間における給与等支払額の合計額が1,000万円以下であったにもかかわらず、課税事業者と誤認し消費税の申告及び納付をしてしまった事例」

【事例53（相続税）】
「相続税の申告において同族会社の敷地の用に供している宅地につき「土地の無償返還に関する届出書」を提出せずに借地権を計上してしまった事例」

【事例54（法人税）】
「売掛金が回収不能となった事実を把握したが、その都度貸倒損失の計上をせず、まとめて貸倒損失を計上したため、税務調査で否認された事例」

【事例55（法人税）】
「関与税理士に代わり資本政策のみを実行し、署名押印を行った決算期につき、破産管財人から、過大納付消費税額を賠償するよう求められた事例」

【事例56（法人税）】
「株式移転完全子法人から設立の日以後最初に受ける配当は100％益金不算入になると説明し、多額の配当が実行されたが、実際には50％が益金算入となる配当であったため、正しい説明を受けていれば配当は行わなかったとして損害賠償請求を受けた事例」

【事例57（法人税）】
「「雇用者給与等支給額が増加した場合の法人税額の特別控除」の適用にあたり、添付すべき計算明細書において「雇用者給与等支給増加額」を誤記載したため、過大納付税額が発生した事例」

【事例58（法人税）】
「別表の添付漏れ及び適用額明細書への記載漏れを理由に、中小企業倒産防止共済掛金の損金算入が認められなかった事例」

【事例59（消費税）】
「設立事業年度に決算期変更することにより、設立事業年度を短期事業年度にすることができたにもかかわらず、その説明をしなかったため、２期目から課税事業者になってしまった事例」

【事例60（消費税）】
「公表裁決事例（「個別対応方式による仕入税額控除額の計算に当たり、一括仕入れの調剤薬品等の仕入れを共通売上対応分であるとした用途区分に区分誤りはなかった」）を知り、所轄税務署で個別相談した結果、裁決と同様の計算が可能との回答を得たため、過去に遡って損害賠請求を受けた事例」

【事例61（所得税）】
「所得税の確定申告において、パソコンの不具合により電子申告が期限後になってしまい、65万円の青色申告特別控除が受けられなくなってしまった事例」

【事例62（法人税）】
「法人成り初年度に「雇用者給与等支給額が増加した場合の法人税額の特別控除」（所得拡大促進税制）の適用が受けられたにもかかわらず、これを適用せずに申告してしまった事例」

【事例63（消費税）】
「委託販売等に係る手数料を課税売上高から控除できたにもかかわらず、これを控除せずに簡易課税で申告を行ってしまった事例」

【事例64（消費税）】
「特定期間で課税事業者になっていたことに気づかず、建物売却に係る消費税の納付が発生してしまった事例」

【事例65（法人税）】
「過大支払利子税制の適用を失念し、修正申告でこれを行ったため、超過利子額の損金算入ができなくなってしまった事例」

【事例66（所得税）】
「法人において支給した退職金のうち個人事業時代に該当する部分につき、退職金支給日の翌日から２ヶ月以内に所得税の更正の請求を行わなかったため、経費計上ができなくなってしまった事例」

【事例67（消費税）】
「当初申告において合同会社の持分譲渡を誤って不課税売上として計算し、一括比例配分方式有利で申告したが、修正申告において非課税売上に修正したところ、課税売上割合が著しく減少し、個別対応方式が明らかに有利となった事例」

【事例68（法人税）】
「２期連続期限後申告となったため、青色申告の承認が取り消され、欠損金額を翌期以降に繰り越すことができなくなってしまった事例」

【事例69（相続税）】
「相続人が契約取得した「立体買換特例」に係る買換資産は、被相続人の相続財産に含まれず、当該買換資産に係る未払金も債務控除の対象にはならないとして更正処分を受けた事例」

【事例70（所得税）】
「「3,000万円の特別控除」は適用できるという税理士の誤ったアドバイスにより、居住用マンションを同族会社へ譲渡したため、修正申告となった事例」

【事例71（消費税）】
「「課税事業者届出書」を提出すべきところ誤って「課税事業者選択届出書」を提出したため、調整対象固定資産の仕入れ等を行った場合の「簡易課税制度選択届出書」の提出制限（平成22年改正）により「簡易課税制度選択届出書」の提出はなかったものとみなされてしまった事例」

【事例72（法人税）】
「経営力向上計画の申請を失念したため、「中小企業者等が特定経営力向上設備等を取得した場合の法人税の特別控除」及び「固定資産税の軽減特例」の適用を受けることができなくなってしまった事例」

【事例73（法人税）】
「資本金を１億円に減資し、中小法人になった場合のメリットを聞かれた際、「繰越欠損金を制限なく控除できる」旨の説明を行わなかったため、減資のタイミングが遅れ、繰越欠損金を当期所得の50％しか控除できなくなってしまった事例」

【事例74（消費税）】
「賃貸建物新築に係る消費税の還付を受けるため「課税事業者選択届出書」を提出したが、「簡易課税制度選択不適用届出書」の提出を失念したため、簡易課税での申告となり、還付を受けることができなくなってしまった事例」

【事例75（法人税）】
「渡切交際費の処理を誤回答したため、定期同額給与として認められず、税務調査で否認され、修正申告となった事例」

【事例76（贈与税）】
「「非上場株式等についての贈与税の納税猶予及び免除」を適用して申告したが、申告期限までの担保提供を失念したため、納税猶予が認められなかった事例」

【事例77（所得税）】
「上場株式等の譲渡につき「相続財産を譲渡した場合の取得費の特例」の適用を受けようとしたが、当初申告をしていなかったため、適用が認められなくなってしまった事例」

【事例78（贈与税）】
「贈与税の期限内申告の提出を失念したため、「医療法人の持分の放棄があった場合の贈与税の課税の特例」の適用ができなくなってしまった事例」

【事例79（所得税）】
「移転補償金を、一時所得として申告すべきところ雑所得で申告してしまった事例」

【事例80（所得税）】
「平成31年４月１日前に譲渡したため、老人ホームに入居してから相続を迎えた空き家の譲渡について、「被相続人の居住用財産（空き家）に係る譲渡所得の特別控除の特例」の適用が受けられなかった事例」

【事例81（所得税）】
「概算取得費（売却代金の５％相当額）を使用した方が有利であったにもかかわらず、不利な実際の取得費を使用して申告してしまった事例」

【事例82（所得税）】
「未経過固定資産税の精算金により譲渡対価の合計額が１億円を超えたため、「被相続人の居住用財産（空き家）に係る譲渡所得の特別控除の特例」の適用が受けられなくなってしまった事例」

【事例83（個人住民税）】
「上場株式等に係る譲渡損失の損益通算及び繰越控除の適用を受けるため、源泉徴収がある特定口座の特定上場株式等の配当や譲渡に係る所得を含めて申告したが、住民税において申告不要制度を選択しなかったため、所得税は還付になったが、住民税及び各種保険料は増加してしまい、かえって不利になってしまった事例」

【事例84（相続税）】
「「農地等の納税猶予の特例」の適用を受けて相続税の申告をしたが、宅地の評価誤りにより修正申告となったため、結果として納税猶予額が過少となってしまった事例」

【事例85（法人税）】
「建物の取得価額と取壊費用を取壊し時の損金の額に算入できたにもかかわらず、土地の取得価額に算入して棚卸資産として繰越処理をしたため、実効税率の差により、過大納付となってしまった事例」

【事例86（法人税）】
「再生計画の認可決定により、期限切れ欠損金を優先適用すべきところ、資産の評価換えについて誤った判断を行い、青色欠損金を優先適用してしまった事例」

【事例87（法人事業税）】
「外形標準課税の付加価値割の計算において、純支払賃借料の計算上、含めない事務所賃貸料に係る管理費を含めて計算し、報酬給与額の計算上、含めるべき現物給与及び出向者に係る給与負担金相当額を含めずに計算したため、トータルで過大納付となった事例」

【事例88（所得税）】
「相次相続控除により納付税額がゼロであったことから「取得費加算の特例」の適用はないものと思い込み、適用せずに申告してしまった事例」

【事例89（消費税）】
「同族会社に対する貸付金を減らすため建物による代物弁済を実行したが、簡易課税を選択しており建物取得に係る消費税の還付が受けられないことから、錯誤で取り消し、原則課税に戻してから再度実行したため、移転費用が二重にかかってしまった事例」

【事例90（法人税）】
「売却価額の高い順から1,500頭に「肉用牛の免税特例」を適用したため、１頭あたりの上限金額を超過して適用している頭数につき税務調査で否認され、追加適用ができなくなってしまった事例」

【事例91（法人税）】
「「事前確定届出給与に関する届出書」に記載した金額と異なる役員給与を税理士が給与計算し振込処理したため、税務調査で否認され、その全額が損金不算入となってしまった事例」

【事例92（法人税）】
「「給与等の引上げ及び設備投資を行った場合等の法人税額の特別控除」の適用にあたり、雇用者給与等支給額等を誤転記したため、特別控除額を限度額まで適用できなくなってしまった事例」

【事例93（消費税）】
「「調整対象固定資産を取得した場合の納税義務の免除の特例」により「課税事業者選択不適用届出書」を提出することができない期間中に同届出書を提出したため、届出書の提出がなかったものとみなされてしまった事例」

【事例94（相続税）】
「特定事業用及び特定居住用宅地等に該当する借地権の計上を失念したため、結果として小規模宅地の選択誤りとなってしまった事例」

【事例95（相続税）】
「障害者控除不足分を兄弟姉妹の相続税から控除できたにもかかわらず、これを失念したまま申告してしまった事例」

【事例96（消費税）】
「建物新築に係る消費税の還付を受けるため、事前に「簡易課税制度選択不適用届出書」を提出すべきところ、これを失念したため、新型コロナウイルス感染症の影響を理由とする「災害等による消費税簡易課税制度選択不適用届出に係る特例承認申請書」を提出したところこれが認められたため、損害を回避できた事例」

【事例97（相続税）】
「申告期限前に貸付事業をやめてしまったため、「小規模宅地等の特例」の適用が受けられなくなってしまった事例」

【事例98（所得税）】
「「相続財産に係る非上場株式をその発行会社に譲渡した場合のみなし配当課税の特例」の適用ができたにもかかわらず、届出書の提出を失念したため、適用できなくなってしまった事例」

【事例99（消費税）】
「課税売上げのみに対応するテナント用賃貸建物の取得をした際に、不利な一括比例配分方式で申告してしまった。さらに第３年度において課税売上割合が著しく変動した場合の調整の対象となってしまったため、二重で損害が発生してしまった事例」

【事例100（消費税）】
「営業譲渡を受けたドラッグストアの「輸出物品販売場許可申請書」の提出を失念したため、免税売上が認められず、国内における課税売上になってしまった事例」

【事例101（消費税）】
「法人成りをしたため、個人に係る消費税の「事業廃止届出書」を提出したが、その後も個人で事業を行うこととなり、過去に提出した「簡易課税制度選択届出書」は有効であるものと思い込み、有利な簡易課税で申告してしまった事例」

【事例102（所得税）】
「事業用買換特例を適用して申告したが、買換取得資産の土地の面積制限の判定を誤ったため、特例が受けられず、修正申告となってしまった事例」

【事例103（法人税）】
「「災害損失欠損金の繰戻し還付」を適用して申告したが、「災害損失の繰戻しによる還付請求書」の提出を失念したため、適用が受けられなくなってしまった事例」

【事例104（贈与税）】
「取引相場のない株式の生前贈与等に当たり、時価を額面である１株５万円と誤回答したため、税務調査を受け、加算税等を含め多額の贈与税額を納付することになった事例」

【事例105（所得税）】
「取得時に事業用買換特例の適用を受けていた土地の売却につき、圧縮記帳後の取得価額で計算すべきところ、圧縮記帳前の取得価額で計算して申告してしまった事例」

【事例106（消費税）】
「法人設立直後に全株式を課税売上高５億円超のグループ他社の100％出資者に譲渡したため、設立２期目が特定新規設立法人に該当し、課税事業者になってしまった事例」

【事例107（法人税）】
「役員給与の定期同額給与につき、業績悪化改定事由による減額改定に該当しないとして税務調査で否認された事例」

【事例108（相続税）】
「相続税の当初申告において取引相場のない株式の評価誤り、非課税となる弔慰金の計上漏れ等があり、別税理士が更正の請求を行ったところ、これらが認められ、過大納付税額は回復したが、別税理士に支払った成功報酬につき損害賠償請求を受けた事例」

【事例109（消費税）】
「役員給与の支給額についてアドバイスをしなかったため、「特定期間における課税売上高による納税義務の免除の特例」により設立２期目から課税事業者となってしまったことから生じた損害につき賠償請求を受けたが、事故日後に特約に中途加入したことから、保険金支払いの対象外となった事例」

【事例110（相続税）】
「宅地の分割から４ヶ月超経過後に更正の請求を行ったため、「小規模宅地等の特例」が認められず、「小規模宅地等の特例」により減額できた税額につき損害賠償請求を受けた事例」

【事例111（消費税）】
「個別対応方式が有利であったにもかかわらず、前期に一括比例配分方式を選択したため、２年間の継続適用要件により、不利な一括比例配分方式での申告となってしまった事例」

【事例112（贈与税）】
「新築マンションの購入につき、贈与年の翌年３月15日までに引渡しを受けていないとして住宅取得資金贈与の非課税特例の適用が受けられなくなってしまった事例」

【事例113（法人税）】
「収用等の圧縮記帳と特別控除を重複適用したため、税務調査により修正申告となったが、「特別控除は当初申告の金額を変更できない」として圧縮記帳が不可となった部分につき損害が発生した事例」

【事例114（所得税）】
「「居住用財産を譲渡した場合の3,000万円の特別控除」及び「居住用財産を譲渡した場合の長期譲渡所得の課税の特例」を適用して申告したが、居住実態が確認できないとして税務調査で否認された事例」

【事例115（相続税）】
「期限内申告書の提出を失念したため、「直系尊属から住宅取得資金の贈与を受けた場合の贈与税の非課税」の適用が受けられず、相続税の税務調査で修正申告となった事例」

【事例116（消費税）】
「「事業を開始した日」を誤認し、期限までに「課税事業者選択届出書」の提出を失念したため、設備投資に係る消費税の還付が受けられなくなってしまった事例」

【事例117（相続税）】
「自宅の敷地内にある農業用倉庫の建築面積部分に特定事業用宅地等として「小規模宅地等の特例」が適用できたにもかかわらず、全体を特定居住用宅地等として「小規模宅地等の特例」を適用してしまった事例」

【事例118（消費税）】
「「簡易課税制度選択不適用届出書」の提出失念に気付いたため、事業年度を変更して、「簡易課税制度選択不適用届出書」を提出したが、事業年度変更により、基準期間が変わり、免税事業者となったため、賃貸用店舗建設に係る消費税の還付が受けられなくなってしまった事例」

【事例119（相続税）】
「土地区画整理地内の宅地につき、無道路地で評価できるところ、単なる不整形地として評価してしまった事例」

【事例120（消費税）】
「税関調査により過去５期分の引取りに係る消費税の修正申告書を提出したため、過年度分を含め、その全額を進行年度で仕入税額控除を行い還付申告したところ、所轄税務署より、各期ごとの更正の請求を求められたため、最初の１期分につき更正の請求期限が徒過してしまい、還付が受けられなくなってしまった事例」

【事例121（相続税）】
「被相続人の特定居住用宅地等に該当するにもかかわらず、建物所有者が実母であり、別居中の配偶者が取得したため、「小規模宅地等の特例」は適用できないものと誤認し、適用を受けずに申告してしまった事例」

【事例122（消費税）】
「賃貸ビル売却計画を事前に聞いていたため、「課税期間特例選択届出書」で課税期間を区切り、売却する課税期間からの「簡易課税制度選択届出書」を提出すれば、有利な簡易課税を選択できたにもかかわらず、これを怠ったため、不利な原則課税での申告となってしまった事例」

【事例123（相続税）】
「配偶者と長男が貸付事業用宅地を２分の１ずつ取得したため、両者に100㎡ずつ「小規模宅地等の特例」を適用したが、配偶者は「配偶者に対する相続税額の軽減」により納付税額がゼロであったため、全部長男に適用した方が有利であった事例」

【事例124（所得税）】
「代替資産の取得価額が見積額を超えたため、４ヶ月以内に更正の請求をしなければならないところこれを失念したため、見積超過額部分につき「収用等の圧縮記帳の特例」の適用ができなくなってしまった事例」

【事例125（贈与税）】
「相続開始直前の贈与につき、相続財産が基礎控除以下であったため、相続時精算課税で申告を行っていれば、贈与税の負担はなかったにもかかわらず、暦年課税で申告したため、負担が発生してしまった事例」

【事例126（所得税）】
「先代名義のままであった居住用家屋につき被相続人を経由せず直接相続人名義で登記したため、「空き家に係る3,000万円の特別控除」が適用できなくなってしまった事例」

【事例127（消費税）】
「「課税事業者選択届出書」の提出を失念したため、信託受益権の買取りに係る消費税の還付を受けることができなくなってしまった事例」

【事例128（法人税）】
「保育園事業を開始するに当たり、一般社団法人の非営利型で設立すれば法人税等が課税されないところ、営利型で設立したため、法人税等が課税されてしまった事例」

【事例129（法人税）】
「所得拡大促進税制の適用において、雇用者給与等支給額を、支給ベースで計算すべきところ発生ベースで計算したため、特別控除額が過少となってしまった事例」

【事例130（所得税）】
「譲渡日を引渡日ではなく契約日として「空き家に係る3,000万円の特別控除」を適用して申告したため、家屋が取り壊されていないとして税務調査で否認された事例」

【事例131（所得税）】
「特別償却費の額を取得した年に全額経費計上したため、所得控除が切捨てになってしまった事例」

【事例132（贈与税）】
「所得制限により「住宅取得資金贈与の非課税特例」は適用できないにもかかわらず、合計所得金額の内容を誤認し、適用できると誤った説明を行ったため、これを実行してしまい、所轄税務署の指摘を受け、修正申告することになってしまった事例」

【事例133（贈与税）】
「相続開始年分の贈与につき、「住宅取得資金贈与の非課税特例」を適用して相続財産から除外して相続税申告を行ったが、相続開始年分に相続取得した不動産を売却したため、所得制限により非課税特例の適用ができなくなってしまい、相続税申告を訂正した事例」

【事例134（法人事業税）】
「法人事業税につき、「軽微な附帯事業」である太陽光発電事業を区分経理して、別々に税額を計算し合算した方が有利であった事例」

【事例135（法人税）】
「外国親会社が被支配会社であり、「留保金課税」の適用があるにもかかわらず、被支配会社でないものと思い込み、適用せずに申告していたため、税務調査を受け修正申告となった事例」

【事例136（消費税）】
「休眠会社再開に当たり、決算期を親会社と同じに変更したいとの相談を受けた際、免税事業者である期間が短くなるとの説明を怠ったため、変更により課税事業者となった期間の消費税額につき損害賠償請求を受けた事例」

【事例137（法人税）】
「分割があった場合の「試験研究費の認定申請書」の提出を失念したため、試験研究費の特別控除につき「調整計算の特例」の適用ができなくなってしまった事例」

【事例138（法人税）】
「賃上げ促進税制において、雇用者給与等支給額につき決算賞与を含めずに集計したため、特別控除額が過少となってしまった事例」

【事例139（消費税）】
「調剤売上げの全てを非課税売上げに計上している事実を見過ごし、これに対応する調剤用医薬品仕入れを全て「非課税対応」のまま有利判定を行ったため、仕入控除税額が少ない不利な申告となってしまった事例」

【事例140（所得税）】
「土地を家屋とともに譲渡しなければならない旨の説明をしなかったため、結果として居住用財産の譲渡にならず、居住用財産の譲渡の特例が適用できなくなってしまった事例」

【事例141（消費税）】
「「課税事業者選択届出書」を提出したため、「２割特例」の適用が受けられず、修正申告となってしまった事例」

【事例142（消費税）】
「「相続があった場合の納税義務の免除の特例」により、令和５年１月から課税事業者であったが、これに気付かず「２割特例」を適用して申告してしまった事例」

【事例143（所得税）】
「障害者１級となった義母を扶養に入れられないか相談を受けたが同居する義父の年金収入があったため扶養に入れず申告していたが、依頼者自身で税務署に出向いて申告したところこれが認められたことから、過年度分につき損害賠償請求を受けた事例」

【事例144（相続税）】
「配偶者の実子であり、養子の数の制限にかからないにもかかわらず、制限されるものと思い込み、法定相続人の数を少ないまま相続税の計算を行ってしまい、更正の請求の期限後に相続人から指摘を受けた事例」

【事例145（消費税）】
「特定期間における納税義務の免除の特例により課税事業者であったにもかかわらず、インボイス制度の経過措置である「簡易課税制度選択届出書の提出期限の特例」の適用が受けられるものと誤認し、期限までに「簡易課税制度選択届出書」を提出しなかったため、不利な原則課税での申告となってしまった事例」

【事例146（法人税）】
「換算が認められない債務免除を行わない長期貸付金まで換算換えをして税額計算を行っていたため、税務調査を受け、為替差損の誤計上を指摘され、修正税額が発生してしまった事例」

【事例147（法人税）】
「令和６年４月１日以後の譲渡について「特定資産の買換えの圧縮記帳」の適用を受けるためには、同一年中の買換えであっても届出書の提出が必要になったことを知らなかったため、圧縮記帳の適用ができなくなってしまった事例」

【事例148（法人税）】
「代替資産を資産計上して「収用等の特別控除」を適用すべきところ、修繕費として譲渡経費に計上したため、税務調査で指摘を受け、修正申告で修繕費を資産計上したが、当初申告で資産計上していなかったため、「収用等の特別控除」も「代替資産の圧縮記帳」も適用できなくなってしまった事例」

【事例149（消費税）】
「国、地方公共団体、公共・公益法人等の仕入控除税額の計算の特例を知らなかったため、特定収入がある場合の仕入控除税額の調整を行っておらず、結果として不利な原則課税により申告していた事例」

【事例150（法人税）】
「親会社が「被支配会社でない法人」であるため「留保金課税」の適用がないにもかかわらず、これを適用して申告してしまった事例」

［事例151～］

【事例151（贈与税）】
「期限内の相続時精算課税選択届出書及び贈与税申告書の提出を失念したため、結果として暦年課税制度での申告となり、過大納付が発生してしまった事例」

【事例152（所得税）】
「買手が耐震工事をしなかったため「空き家に係る3,000万円の特別控除」の適用が受けられなくなってしまった事例」

【事例153（法人税）】
「「賃上げ促進税制」の適用に当たり「雇用者給与等支給額」及び「比較雇用者給与等支給額」の欄に誤って「継続雇用者給与等支給額」及び「継続雇用者比較給与等支給額」を記載してしまったため、結果として限度額まで特別控除が受けられなくなってしまった事例」

【事例154（法人税）】
「中小企業者の適用除外事業者に該当していたにもかかわらず、これに気付かず、中小企業者の特例を適用して申告したため、税務調査で否認されてしまった事例」

【事例155（法人税）】
「持分の定めのない医療法人であるため、均等割は最低額が適用されるにもかかわらず、過大な均等割を納付し続けてしまった事例」

【事例156（法人税）】
「従業員の横領を長年にわたり看過する結果になり、このような決算書作成方法自体が、税理士の債務不履行になるとして、損害賠償請求を受けた事例」

【事例157（所得税）】
「共同住宅の敷地（宅地）と駐車場用地（その他）の交換に、「交換特例」は適用できると誤った説明をして実行させたため、多額の税負担が発生してしまった事例」

【事例158（消費税）】
「「登録取消届出書」の提出期限を誤認したため、翌年が適格請求書発行事業者となり、消費税の納税義務が発生してしまった事例」

【事例159（相続税）】
「小規模宅地等の特例」の適用を受けて代償金額を決定するため、当初申告を未分割で行い、「申告期限後３年以内の分割見込書」を提出して、特例対象宅地等の分割を行ったが、分割から４月以内に更正の請求を行わなかったため、「小規模宅地等の特例」が受けられなくなってしまった事例

【事例160（消費税）】
特定期間の課税売上高が1,000万円超であったため、給与等支払額の合計額が1,000万円以下であったにもかかわらず「２割特例」を適用しないで申告してしまった事例

【事例161（相続税）】
市街地農地には「地積規模の大きな宅地の評価」が適用できないものと思い込み、これを適用せずに申告し、更正の請求期限後に別税理士の指摘を受けたため、回復不能な過大納付税額が発生し、損害賠償請求を受けた事例

【事例162（消費税）】
一般財団法人であり、特定収入割合が90％を超えていたことから、高額特定資産を取得しても２割特例が有利であったが、原則課税有利と思い込み、原則課税で申告したため、その後の２年間も２割特例が適用できなくなってしまった事例

筆者紹介

齋藤　和助

（さいとう・わすけ）

税理士
齋藤和助税理士事務所

東京都出身　法政大学卒
平成12年　税理士試験合格
平成13年　税理士登録
平成15年　東京都千代田区にて税理士として独立開業
TAC税法実務講座相続税法講師
長年にわたり税賠保険事故の調査を担当

【主要著書】
・『ケーススタディ消費税実務における判断ミスと対応策』（清文社）
・冊子「事例で確認！消費税実務のうっかりミス対応策」（清文社）
・『税理士損害賠償請求事例にみる事故原因と予防策』（清文社）
・『税理士の専門家責任とトラブル未然防止策』共著（清文社）
・『ＦＰ技能士検定試験集中レッスン』共著（成美堂）
・『パーフェクトＦＰ技能士入門』共著（金融財政事情研究会）
・『法人税是否認事例詳解』共著（税務経理協会）
・『相続税贈与税の実務』（TAC出版）
など

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連載目次

「税理士損害賠償請求」頻出事例に見る原因・予防策のポイント

［事例１～事例150］

［事例151～］

筆者紹介

齋藤 和助

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