公開日: 2026/02/05 (掲載号:No.655)
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法人税の損金経理要件をめぐる事例解説 【事例83】「グループ企業の国内統括会社に支払った経営指導料の寄付金該当性」

筆者: 安部 和彦

法人税の損金経理要件をめぐる事例解説

【事例83】

「グループ企業の国内統括会社に支払った経営指導料の寄付金該当性」

 

拓殖大学商学部教授
税理士 安部 和彦

 

【Q】

私は、欧州に本社がある外資系の製薬会社の日本法人X(資本金30億円で12月決算)において、経営企画部長を務めております。ご承知の通り製薬業界、中でも新薬の開発に注力している業界のトップ企業は、いずれも多額の研究開発投資を行っています。

一般に、新薬の販売に至るまでには、「探索研究→前臨床試験→臨床試験→承認審査」という段階を経る必要があります。このような各段階を経て新薬の販売に至るまでには、9年から16年に及ぶ研究開発期間と数百億円から1千億円を越える莫大な研究開発費用がかかります。しかも、研究開発の対象となった新薬候補のほとんどが、上記プロセスのかなり早い段階において開発が断念されるという現実があります。このことから、製薬業界に属する数ある企業の中でも、新薬の研究開発部門は非常に難易度が高い業務であり、そこから多額の富が生み出されるという構図があります。

わが社は製薬業界といえども外資系ということもあり、日系企業と比較すれば、日本国内における研究開発投資は、グローバルな企業規模と比較するとそれほど大きいというわけでもありません。しかし、市場としては高齢化が進み需要が大きいため、グローバルな観点から言っても重要地域の一つですので、販売やマーケティング活動にはかなり力を入れています。そのため、日本事業を統括するわが社の傘下に、研究開発部門、製造部門、販売部門の各子会社群があり、わが社が持株会社兼事業統括会社として、欧州本社の全世界的な事業戦略を実現すべく、傘下企業のマネージメントや人事、総務、法務、会計、税務等を支援する機能を担っております。そのような業務の対価として、傘下企業から経営指導料を受けていますが、最近受けている国税局のグループ企業に対する同時調査で、その算定根拠について厳しいやり取りが続いております。

特に販売部門を担う子会社Yに対する経営指導料の料率(年間売上高の1%)が他の部門を担う子会社各社よりかなり高いことが問題視されており、その料率の差額部分は販売部門を担う子会社Yからわが社への「経済的利益の贈与」に当たるとして、子会社Yに対して寄付金課税を行う旨主張しております。わが社の子会社Yに対する経営指導の内容は、欧州本社からもたらされる顧客リストの紹介も含まれており、それがYの売上に増加に寄与する部分が大きいことから、他の子会社よりも料率が高いのは当然であり、「経済的利益の贈与」に当たることなど全くないと考えておりますが、税法上どのように考えるのが妥当でしょうか、教えてください。

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法人税の損金経理要件をめぐる事例解説

【事例83】

「グループ企業の国内統括会社に支払った経営指導料の寄付金該当性」

 

拓殖大学商学部教授
税理士 安部 和彦

 

【Q】

私は、欧州に本社がある外資系の製薬会社の日本法人X(資本金30億円で12月決算)において、経営企画部長を務めております。ご承知の通り製薬業界、中でも新薬の開発に注力している業界のトップ企業は、いずれも多額の研究開発投資を行っています。

一般に、新薬の販売に至るまでには、「探索研究→前臨床試験→臨床試験→承認審査」という段階を経る必要があります。このような各段階を経て新薬の販売に至るまでには、9年から16年に及ぶ研究開発期間と数百億円から1千億円を越える莫大な研究開発費用がかかります。しかも、研究開発の対象となった新薬候補のほとんどが、上記プロセスのかなり早い段階において開発が断念されるという現実があります。このことから、製薬業界に属する数ある企業の中でも、新薬の研究開発部門は非常に難易度が高い業務であり、そこから多額の富が生み出されるという構図があります。

わが社は製薬業界といえども外資系ということもあり、日系企業と比較すれば、日本国内における研究開発投資は、グローバルな企業規模と比較するとそれほど大きいというわけでもありません。しかし、市場としては高齢化が進み需要が大きいため、グローバルな観点から言っても重要地域の一つですので、販売やマーケティング活動にはかなり力を入れています。そのため、日本事業を統括するわが社の傘下に、研究開発部門、製造部門、販売部門の各子会社群があり、わが社が持株会社兼事業統括会社として、欧州本社の全世界的な事業戦略を実現すべく、傘下企業のマネージメントや人事、総務、法務、会計、税務等を支援する機能を担っております。そのような業務の対価として、傘下企業から経営指導料を受けていますが、最近受けている国税局のグループ企業に対する同時調査で、その算定根拠について厳しいやり取りが続いております。

特に販売部門を担う子会社Yに対する経営指導料の料率(年間売上高の1%)が他の部門を担う子会社各社よりかなり高いことが問題視されており、その料率の差額部分は販売部門を担う子会社Yからわが社への「経済的利益の贈与」に当たるとして、子会社Yに対して寄付金課税を行う旨主張しております。わが社の子会社Yに対する経営指導の内容は、欧州本社からもたらされる顧客リストの紹介も含まれており、それがYの売上に増加に寄与する部分が大きいことから、他の子会社よりも料率が高いのは当然であり、「経済的利益の贈与」に当たることなど全くないと考えておりますが、税法上どのように考えるのが妥当でしょうか、教えてください。

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連載目次

法人税の損金経理要件をめぐる事例解説

▷総論

● 法人税の課税所得計算と損金経理(その1~5)

▷事例解説

● 法人税の損金経理要件をめぐる事例解説【事例1~50】

・・・  以下、順次公開 ・・・

筆者紹介

安部 和彦

(あんべ・かずひこ)

税理士
和彩総合事務所 代表社員
拓殖大学商学部教授

東京大学卒業後、平成2年、国税庁入庁。
調査査察部調査課、名古屋国税局調査部、関東信越国税局資産税課、国税庁資産税課勤務を経て、外資系会計事務所へ移り、平成18年に安部和彦税理士事務所・和彩総合事務所を開設、現在に至る。
医師・歯科医師向け税務アドバイス、相続税を含む資産税業務及び国際税務を主たる業務分野としている。
平成23年4月、国際医療福祉大学大学院医療経営管理分野准教授に就任。
平成26年9月、一橋大学大学院国際企業戦略研究科経営法務専攻博士後期課程単位修得退学
平成27年3月、博士(経営法) 一橋大学
令和3年4月、国際医療福祉大学大学院医療経営管理分野教授に就任。
令和5年4月、拓殖大学商学部教授に就任。

【主要著書】
・『新版 修正申告と更正の請求の対応と実務』(2025年・清文社)
・『事例で解説 法人税の損金経理』(2024年・清文社)
・『三訂版 医療・福祉施設における消費税の実務』(2023年・清文社)
・『改訂 消費税 インボイス制度導入の実務』(2023年・清文社)
・『裁判例・裁決事例に学ぶ消費税の判定誤りと実務対応』(2020年・清文社)
・『消費税 軽減税率対応とインボイス制度 導入の実務』(2019年・清文社)
・『[第三版]税務調査と質問検査権の法知識Q&A』(2017年・清文社)
・『最新判例でつかむ固定資産税の実務』(2017年・清文社)
・『新版 税務調査事例からみる役員給与の実務Q&A』(2016年・清文社)
・『要点スッキリ解説 固定資産税』(2016年・清文社)
・『Q&Aでわかる消費税軽減税率のポイント』(2016年・清文社)
・『Q&A医療法人の事業承継ガイドブック』(2015年・清文社)
・『国際課税における税務調査対策Q&A』(2014年・清文社)
・『消費税[個別対応方式・一括比例配分方式]有利選択の実務』(2013年・清文社)
・『税務調査の指摘事例からみる法人税・所得税・消費税の売上をめぐる税務』(2011年・清文社)
・『相続税調査であわてない「名義」財産の税務(第3版)』(2021年・中央経済社)
・『相続税調査であわてない不動産評価の税務』(2015年・中央経済社)
・『消費税の税務調査対策ケーススタディ』(2013年・中央経済社)
・『医療現場で知っておきたい税法の基礎知識』(2012年・税務経理協会)
・『事例でわかる病医院の税務・経営Q&A(第2版)』(2012年・税務経理協会)
・『Q&A 相続税の申告・調査・手続相談事例集』(2011年・税務経理協会)
・『ケーススタディ 中小企業のための海外取引の税務』(2020年・ぎょうせい)
・『消費税の税率構造と仕入税額控除』(2015年・白桃書房)

【ホームページ】
https://wasai-consultants.com

           

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