法人税の損金経理要件をめぐる事例解説
【事例８】
「医薬品共同開発負担金の損金性」
国際医療福祉大学大学院准教授
税理士 安部 和彦
【Ｑ】
私はある医薬品メーカーの経理部に勤務しております。近年、医薬品の開発に関しては、それに関わる諸費用が高騰する傾向にあることから、私の勤務する会社では、いくつかのメーカーと共同で研究開発を行うケースが増加しております。今回問題となっているプロジェクトＸもその一環で遂行しているもので、３年前に消化器系疾患の分野に特化しているＡ製薬と共同開発及び製造販売に関する契約を締結しています。
青色申告法人であるわが社は、当該契約に基づき、過去３年間にわたってプロジェクトＸに係る共同研究開発につき負担金を支払っております。そのため、経理部としては当該負担金はわが社において試験研究費に該当するものとして、試験研究費の総額に係る特別控除（措法42の４①）の適用対象になるものと解し、法人税の申告を行いました。
ところが、先日受けた税務調査で、 当該負担金はわが社とＡ製薬との共同研究のために支出されたものではなく、Ａ製薬が研究開発を主導しその結果ほぼ得られつつあった成果に対し、その提供を受けるために支出した金額であるため、特別控除が受けられる試験研究費ではなく繰延資産に該当すると指摘されました。
確かに、当該分野に強みのあるＡ製薬が開始したプロジェクトＸに当社は後から加わったところではありますが、共同で研究を行ったのは動かしがたい事実であり、この点に関し税務当局の見解は容認し難いところです。この件に関しどのように対処すべきでしょうか、教えてください。
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